El Departamento de Química fue creado como parte de las cuatro unidades académicas que constituían la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales en 1973, como un departamento que debía ofrecer cursos de servicio de Química General, Química Orgánica y Química Inorgánica para las carreras de Ingeniería en Ciencias Agropecuarias y el profesorado de Estado en Ciencias Generales.

En los años 1978 -1979 se inicia el desarrollo de proyectos de extensión como producto de la preocupación o intereses individuales de los miembros del Departamento sobre temáticas de relevancia nacional. Los proyectos de extensión se desarrollaron en el campo de la enseñanza de la Química y de comunidades pesqueras. Por otra parte, los proyectos de investigación surgen simultáneamente como producto de intereses individuales en problemáticas identificadas a nivel nacional en las áreas de contaminación de ríos, aprovechamiento de recursos naturales flora y fauna.

En docencia surgió la necesidad de desarrollar actividades de mejoramiento de la enseñanza y se conformaron equipos de académicos con doble formación, en química y pedagogía.

El Departamento de Química, diseñó proyectos y programas en las áreas de mejoramiento de la enseñanza, aprovechamiento de recursos naturales, ciencias marinas de utilización de desechos, todos definidos por la Facultad como áreas prioritarias. Muchos de estos proyectos involucraban la conformación de equipos multidisciplinarios (Sociología, Psicología, Filosofía, Biología, etc.), y la planificación de acciones de investigación y extensión en un mismo proyecto.

Asimismo, se amplía la cobertura de cursos de servicio a las carreras de Biología Marina, Biología Tropical, Medicina Veterinaria, Ciencias Forestales y Enseñanza de la Química.

Entre los años 1980-1989 el Departamento logra desarrollar equipos multidisciplinarios para el desarrollo de los proyectos que integraban acciones de investigación-extensión principalmente, además se incorpora la participación estudiantil en los proyectos por medio de prácticas de campo y tesis, se logra la participación de instituciones y organismos nacionales e internacionales mediante convenios (Ministerio de Educación, Ministerio de Recursos Naturales Energía y Minas, Centro para el Mejoramiento de la educación costarricense, FEDECOP, entre otros). También se publican resultados de los proyectos de investigación, se sistematizan y divulgan metodologías desarrolladas en extensión y se genera una carrera como consecuencia de las experiencias de extensión (carrera de Licenciatura en Enseñanza de la Química). Se generan temas de investigación detectados en la práctica de extensión.

En 1990 con una mayor madurez y trayectoria académica el Departamento de Química se plantea la necesidad de realizar una actividad integral de evaluación de su quehacer con base en los planes quinquenales y con el objetivo de analizar los logros y el nivel de éxito de las actividades desarrolladas, con el fin de planificar sus acciones futuras. Como resultado de la evaluación y considerando las fortalezas detectadas se reorganizó el quehacer académico del Departamento en tres áreas temáticas: Biodiversidad, Química Ambiental y Polímeros que integraban actividades de extensión, investigación, docencia y prestación de servicios. La docencia se convierte en un área en la que confluyen las tres áreas temáticas.

Se desarrolla exitosamente una fase de búsqueda de financiamiento externo para el desarrollo de proyectos conjuntos y adquisición de equipo científico y mejoramiento de infraestructura, en las áreas de fortaleza y aprovechando la vinculación con el sector productivo nacional, cooperativas, industria química y farmacéutica, sector educativo y gobiernos locales. Este financiamiento permitió atender necesidades para el desarrollo de los proyectos, que la Universidad Nacional con la asignación presupuestaria no podía asumir.

De esta forma se fortalecen las actividades de prestación de servicios, lo que contribuyó a consolidar la presencia de la universidad en la comunidad nacional, así como la adquisición de equipo científico y la contratación de personal.

En 1996 en el marco del proyecto de Planificación estratégica impulsado por la Facultad de Ciencias Exactas y Naturales, el Departamento de Química realiza un análisis de sus fortalezas y debilidades, de sus áreas temáticas de desarrollo y establece su visión de futuro y las rutas de planificación estratégica.

Consolidado el quehacer académico del Departamento de Química, en 1997 se realiza un estudio de factibilidad y de mercado para la posible apertura de una carrera de Licenciatura en Química Industrial. El CONARE, realiza el estudio de mercado encuestando a más de 50 empresas, lo que permite concluir que la apertura de esta carrera vendría a solventar una deficiencia de profesionales químicos para la industria costarricense. Con base en esto, se elabora una propuesta para el Plan de Estudios, que es aprobada por el CONARE en ese mismo año. Es así como en el primer trimestre de 1998 se inicia con 63 estudiantes y con la modalidad de cofinanciada, la Licenciatura en Química Industrial.